El Diseño Instruccional es un proceso sistémico y sistemático por medio del cual a partir del análisis de una necesidad de aprendizaje, se seleccionan y desarrollan las actividades y recursos para satisfacerla, así como los procedimientos para evaluar si dicho aprendizaje fue alcanzado. Por medio del Diseño Instruccional se generan especificaciones que permitan garantizar la obtención de los aprendizajes requeridos. Este proceso incluye tanto el desarrollo de actividades y materiales, como el diseño de los instrumentos de evaluación necesarios. 

El uso del Aula Virtual para experiencias de aprendizaje requiere de una planificación y de un diseño instruccional previo, que garantice el logro de los aprendizajes previstos, así como el uso adecuado de las potencialidades del Salón de Clases Virtual. Este tipo de diseño presenta retos importantes debido a la falta de interacción presencial y a la presencia de comunicación mediada. Si bien se inicia de manera similar a los diseños para procesos presenciales, es decir, analizando la necesidad Instruccional, la audiencia, y el contexto; formulando los objetivos instruccionales; y especificando los contenidos que deben ser abordados para alcanzarlos; la fase correspondiente al diseño de las estrategias y de los medios instruccionales es significativamente diferente. 

Un proceso de aprendizaje en un Aula Virtual debe garantizar que la calidad del aprendizaje deseado no se sacrifique por la ausencia de interacción cara a cara. Esto implica que   impartir un curso en esta plataforma no es simplemente trasladar un contenido y entregarlo a través de la misma. En este diseño instruccional incluso la interacción debe planificarse con antelación, previendo las posibles respuestas y alternativas que puedan darse. 

Por otra parte, la planificación de este tipo de experiencias debe prever la inclusión de actividades virtuales destinadas a que se cumplan todas las fases del aprendizaje, y a que el aprendiz se sienta involucrado y activo en todo momento. Igualmente, debe asegurar que se ejecuten actividades que apunten a diferentes inteligencias y preferencias de aprendizaje, así como actividades de tipo colaborativo destinadas a enriquecer el proceso, utilizando otros medios  tales como foros, correo electrónico, wikis y blogs, entre otros.